Daniel M. Stoebel

Dan Stoebel

Professor of Biology

F.W. 奥林科学中心2364室
1250 N. Dartmouth Ave.
Claremont, CA 91711
909.607.1141
stoebel@g.coming2gether.net

教育及专业经历

  • B.A., Biology, Pomona College
  • 石溪大学生态学和进化博士
  • 都柏林大学圣三一学院博士后研究员
  • 美国休斯敦大学博士后研究员

Teaching Interests

我的教学兴趣包括分子和进化遗传学, from first years to seniors, in lab, seminar, and lecture settings. 我也非常喜欢教授统计学和生物与人文学科的交叉课程.

In past years, I have taught:

  • 生物52:生物导论
  • 生物54:生物入门实验
  • Bio 113: Molecular Genetics
  • Bio 154: Biostatistics
  • Bio 164: Genetics
  • 生物/化学189:分子生物学和生物化学的当前主题
  • 历史179J:遗传与种族
  • 写作1:学术写作导论

Research Interests

我的实验室主要研究细菌调控网络的分子生物学和进化. The E. coli 全球转录调控因子RpoS是研究的重点, 因为它允许分子生物学的整合, physiology and evolution. 项目包括研究RpoS水平如何在不同菌株和环境中变化, 测量RpoS水平变化对转录组的影响, 研究RpoS如何与其他转录因子相互作用以影响转录模式, 探索RpoS水平在实验室致病亲属中的调控变化 E. coli.

我鼓励HMC或其他克莱蒙特学院的学生联系我，如果他们对此感兴趣的话. 我经常邀请各种背景的学生来我的实验室.

Selected Publications

(*表示本科期间完成的工作)

Adams, Josephine*， Johnson Hoang*， Emily Petroni*， Ethan Ashby*， Johanna Hardin和 Daniel M. Stoebel. “rpos依赖基因的转录时间在多种胁迫下发生变化 Escherichia coli K-12.” mSystems, 8: e0066323. http://doi.org/10.1128/msystems.00663-23

贝克，克里斯蒂娜*，塞德·佩里*， Daniel M. Stoebel, and Jane M. Liu. “Cra和CRP在FruB的调节中具有相反的作用 Vibrio cholerae.” Journal of Bacteriology, 203:e00044-21. http://doi.org/10.1128/JB.00044-21

Fitzgerald, Stephen, Stefani C. Kary, Ebtihal Y. Alshabib, Keith D. MacKenzie, Daniel M. Stoebel，赵子超，张德华. S. Cameron. “重新定义H-NS蛋白家族:多种特殊的核心和附属形式表现出分层转录网络整合.” 2020. Nucleic Acids Research 48: 10184–98. http://doi.org/10.1093/nar/gkaa709

Hamilton, Vivien, and Daniel. M. Stoebel. 2020. 科学家教育的历史:鼓励判断和社会行动. Isis 111: 623–30. http://doi.org/10.1086/711101

Bush, E. C., A. E. Clark*, C. A. DeRanek*, A. Eng*, J. Forman*, K. Heath*, A. B. Lee*, D. M. Stoebel, Z. Wang*, M. Wilber*, and H. Wu*. 2018. xenoGI:在密切相关的细菌分支中重建基因组岛插入的历史. BMC Bioinformatics, 19:32. doi: 10.1101/188599

G. T. Wong*, R. P. Bonocora, A. N. Schep*, S. M. Beeler*, A. J. Lee Fong, L. M. Shull*, L. E. Batachari*, M. Dillon*, C. J. Becker*, C. Evans*, E. C. Bush, J. Hardin, J. T. Wade, and D. M. Stoebel. 2017. 不同RpoS水平的全基因组转录反应 Escherichia coli K-12. Journal of Bacteriology, 199: e00755-16. doi: 10.1128/JB.00755-16.

C. Evans*, J. Hardin, and D. M. Stoebel. 2017. 从样本间RNA-Seq归一化方法的假设角度进行选择. Briefings in Bioinformatics. doi: 10.1093/bib/bbx008.

Y. Wang, C. D. Arenas, D. M. Stoebel, K. Flynn, E. Knapp, M. M. Dillon, A. Wünsche, P. J. Hatcher, F. B.-G. Moore, V. S. Cooper, and T. F. Cooper. 2016. 转移突变的好处可以通过接受者的适应性来预测，而不是通过他们的生态或遗传相关性来预测. PNAS, 113:5047-5052.

E. Snyder*, D. M. Gordon, and D. M. Stoebel. 2012. Escherichia coli 缺乏RpoS在非病原体的自然种群中是罕见的. G3: Genes | Genomes | Genetics, 2:1341-4

Stoebel, D. M. & C. J. Dorman. 2010. 移动元素的作用是10 论实验调控演化 Escherichia coli. 分子生物学与进化, 27: 2105-2112.

Stoebel, D. M., K. Hokamp, M. S. Last & C. J. Dorman. 2009. 基因调控在应激反应中的代偿进化 E. coli lacking RpoS. PLoS Genetics, 5: e1000671

Stoebel, D. M., A. Free & C. J. Dorman. 2008. 抗沉默:克服革兰氏阴性肠道细菌中h - ns介导的转录抑制. Microbiology, 154: 2533-2545.

Stoebel, D. M., A. M. Dean & D. E. Dykhuizen. 2008. The cost of expression of Escherichia coli lac 操纵子蛋白存在于过程中，而不是产物中. Genetics, 178:1653-1660.

Stoebel, D. M. 2005. 缺乏水平转移的证据 lac operon into Escherichia coli. 分子生物学与进化, 22:683-690.